Biyoinformatik eğitimi hakkında Türkiye’de öğrenciler ne düşünüyor ve YÖK istatistikleri bize neler gösteriyor? Bu sorular üzerine ERES Biyoteknoloji’den Elçin ve Menar’ın araştırmasını sizlerle paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz. Türkiye’de biyoinformatik eğitimine dair kapsamlı araştırmaların bulunmamasından dolayı bu alanda çalışan ve eğitim veren tüm akademisyenler için faydalı bir ilk bakış açısı sunmayı umut ediyoruz.
Yaşam bilimleri, üretilmiş yüksek hacimli çeşitli veriler ve hesaplama kabiliyetlerinin artıp yaygınlaşması ile günümüzde veri merkezli bir çalışma alanı olmuştur. Böylece biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji, yaşam bilimleriyle ilgili çalışma yapan hemen hemen her dal için kritik bir konuma gelmiştir. Geçmişine baktığımız zaman ilk olarak 1960’larda ihtiyaçlar doğrultusunda ortaya çıkan bir alan olup 1989’de ilk defa “biyoinformatik” kelimesi ile ifade edilmiştir. Daha sonra insan genomunun dizilenmesi ve teknolojik gelişmelerle birlikte biyoinformatik alanı hızla büyümüştür. Dünya genelinde biyoinformatiğe ve eğitimine yönelik atılımlar yaplırken Türkiye’de de bu konude gelişmeler artmış ve zamanla eğitim programlarında yerini almıştır.
Burada kısaca dünyada ve Türkiye’de biyoinformatik eğitimini inceleyeceğiz. daha sonra ise 3 Kasım 2022’de Yıldız Teknik Üniversitesi BİYOGEN Kulubü’nün düzenlediği Biyoinformatik Konferansında öğrencilerle yaptığımız anketin sonuçlarını değerlendireceğiz.
Biyoinformatik eğitiminin gelişimi
Biyoinformatiğin kendisi gibi eğitimi de yeni ve gelişmekte olan bir alan. Biyoinformatik eğitimi ve müfradat düzenlemesiyle ilgili ilk çalışmaları Uluslararası Hesaplamalı Biyoloji Derneği (ISCB) Eğitim Komitesi 2001 yılında gerçekleştirmiştir. Daha sonraki süreçte ISCB Eğitim Komitesi bu çalışmalarını sürdürmüştür. Amerika’da İnsan Genom Projesi’yle biyoinformatik ve hesaplamalı çalışmalar için daha fazla araştırmacıya ihtiyaç duyulduğu ortaya çıkmıştır. 2003 yılında Ulusal Araştırma Konseyi BIO2010 isimli bir raporla hesaplamalı biyoloji çalışmalarına yönelik müfredatın yenilenmesinin altını çizmiştir.
2020 yılı itibariyle dünyada 200’den fazla Biyoinformatik/Hesaplamalı Biyoloji Lisans ve Lisansüstü bölümü eğitim vermektedir. Biyoinformatik günümüzde sadece üniversite değil orta öğretim seviyesinde de ilgi çeken bir konudur. STEM çalışmaları kapsamında biyoinformatik eğitimleri uygun bir seviyede orta okul seviyesindeki öğrencilere de ulaştırılmaya başlanmıştır.
Türkiye’de biyoinformatik eğitimi durumu
Türkiye’de biyoinformatik alanı 2010’lardan itibaren hızla yaygınlaşmaya başlamıştır. Günümüzde hem lisans hem de lisansüstü seviyede biyoinformatik eğitimi veren kurumlar bulunmaktadır.
Yükseköğretim Bilgi Yönetim Sistemi’nde “biyoinformatik”, “biyoenformatik” ve “Hesaplamalı Biyoloji” kelimeleri ile yapılan sorgulamalarda Anabilim dalı ve Bölüm olarak elde edilen sonuçlarda 2 Biyoinformatik lisans bölümü bulunduğu görülmektedir. 2014 yılında ABDULLAH GÜL ÜNİVERSİTESİ’nde Kayseri’de ilk lisans seviyesinde biyoinformatik bölümü açılmıştır. 2021 yılında ise İSTİNYE ÜNİVERSİTESİ’nde ikinci lisans düzeyi biyoinformatik bölümü faliyete geçmiştir. Bunun yanı sıra pek çok devlet ve vakıf üniversitesinde biyoloji, moleküler biyoloji ve genetik, tarım teknolojileri, biyomedikal mühendisliği gibi bölümler içinde anabilim dalı olarak yerini almıştır. Aşağıdaki tabloda öğretim üyelerine göre biyoinformatik anabilim dalları ve öğretim üyeleri sayıları verilmiştir.
YÖK istatistiklerinde görülmeyen bir çok biyoinformatik anabilimdalı ve eğitim programı da bulunmaktadır. Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi, Gebze Teknik Ünivesitesi, Üsküdar Üniversitesi, Kadir Has Üniversitesi, Sivars Cumhuriyet Üniversitesi, Gaziantep Ünivesitesi, Erciyes Üniversitesi, Acıbadem Üniversitesi, İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’inde bulunan Lisans Üstü Programlar ve Anabilim dalları YÖK Bilgi Yönetimi Sisteminde bulunamamıştır. Türkiye’de biyoinformatikle ilgili eğitimler ayrıca biyoloji, moleküler biyoloji ve genetik gibi yaşam bilimleri bölümlerinde ders olarak da yer almaktadır.
Yök Tez Merkezi’nden isminde ya da özetinde “biyoinformatik” kelimesi yer alan yüksek lisans ve doktora tezlerine bakıldığındaysa 673 tezin başlık ya da özetinde yer aldığın görmek mümkün. Biyoinformatik anahtar kelimesini isminde ya da özetinde içeren ilk tez 2001 yılında yayınlanmış. 2002’den 2006’ya kadar her yıl 3 tez yayınlanarak devam etmiş. Aşağıdaki grafikte hangi yıl kaç tezin başlık ve özetinde biyoinformatik kelimesinin yer aldığı gösterilmiştir.
Biyoinformatik eğitimi hakkında öğrenciler neler diyor?
3 Kasım 2022’de Yıldız Teknik Üniversitesi BİYOGEN Kulübü’nün düzenlediği Biyoinformatik Konferansı’na ERES Biyoteknoloji olarak katıldık. Konferansta, konferans katılımcısı yaşam bilimleri alanında eğitim gören öğrencilerin biyoinformatik öğretimi hakkındaki görüşlerini bir anket ile araştırdık. Böylece biyoinformatik öğrenimi konusunda öğrencilerin ne düşündüğü, karşılaştıkları zorluklar ve öğrenim süreçlerine dair yeni veriler elde ettik. Yaptığımız bu anket çalışmasına 95’i lisans ve 6’sı yüksek lisans öğrencisi olmak üzere 101 kişi katılım gösterdi. Aşağıda bu ankete dair sonuçların kısa bir değerlendirmesi ve en altta grafikler halinde sunumu yer almaktadır.
Çalışmada öğrencilerin okullarında biyoinformatik dersi alıp almadıkları, ülke genelinde biyoinformatik eğitimine dair görüşleri, biyoinformatik öğrenirken donanım ve dil ile ilgili sorun yaşayıp yaşamadıkları, biyoinformatik öğrenmek için hangi kaynakları kullandıklarını sorduk. Anket sonuçlarına göre 69 katılımcı biyoinformatik derslerinin lisans seviyesinde yeterince yer almadığını düşündüğünü tespit ettik.
Öğrencilerin biyoinformatik öğrenirken en çok faydalandıkları kaynağın YouTube (%81’i faydalanıyor) olduğunu gördük. Bunu okul dersleri (%39), kurslar (%32), blog yazıları (%13), başka okulların ders materyalleri (%12), e-kitaplar (%11) ve GitHub (%8) takip ediyor. Makaleler, konferanslar ve Linkedin Postlarının ise öğrencilerin sadece %1’inin faydalandığı materyaller olduğu gözlemlendi. Öğrencilerin 31’inin biyoinformatik öğrenirken yetersiz donanım ya da bilgisayar bulamadığı için uygulama yapamadığı, 28’i içinse bunun kısmi bir sorun olarak devam ettiğini gözlemledik. Ayrıca dil bariyerinin 101 öğrenciden sadece 34’ü için bir sorun olmadığını, 29’u için bir sorun olduğunu ve 38’i içinse kısmen bir sorun olduğunu gözlemledik.
Okullarında biyoinformatik dersi olup olmadığını sorduğumuzda ise 55 öğrencinin evet dediğini, 28 öğrencinin ise hayır dediğini gözlemledik. 19 öğrenci ise okullarında biyoinformatik dersi olup olmadığını bilmiyor. Derslerin uygulamalı olup olmadığını sorduğumuzda ise öğrencilerin sadece %37,5’u derslerin uygulamalı olduğunu belirtti.
Öğrencilerin YouTube tercihine bakarak izleyerek ve uygulayarak biyoinformatik öğreniminin bir ihtiyaç olduğunu düşünmek mümkün. Bu bağlamda okullarda daha fazla uygulamanın yer aldığı biyoinformatik derslerine bir ihtiyaç duyulduğunu da söyleyebiliriz. Biyoinformatik öğreniminde öğrencilerin eşit bir erişim sağlayabilmesi için bilgisayar laboratuvarı gibi alt yapıların sunulmasının da önemli olduğu ortaya çıkmakta.
Bu çalışmayı ERES Biyoteknoloji ekibinden Elçin Ekşi ve Menar Ekizce birlikte gerçekleştirmiştir. Sunumla eş zamanlı olarak anketin gerçekleştirilmesi ve değerlendirilmesini Menar Ekizce yapmıştır.
Referanslar:
YILMAZ, M., & TURANLI, N. Multidisipliner Bir Bilim Olarak Biyomatematik ve Biyomatematik Eğitiminin Önemi. Akademik Platform Eğitim ve Değişim Dergisi, 5(1), 101-127.
KEKLİK, G., & ÖZCAN, B. D. (2022). Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 5(2), 1082-1091.
Taşar, O., Erol, Ç., 8. Bölüm Biyoenformatik, Kitap Bölümü: .Bozbuğa, N., & Gülseçen, S. (2021). Tıp bilişimi.
Kepceoğlu, G. Z., Torun, B., & Pektaş, M. (2020). Fen Bilgisi Öğretmen ve Öğretmen Adaylarının Biyoinformatik Farkındalıkları. Journal of Kirsehir Education Faculty, 21(1).
Williams, J. J., Drew, J. C., Galindo-Gonzalez, S., Robic, S., Dinsdale, E., Morgan, W. R., … & Pauley, M. A. (2019). Barriers to integration of bioinformatics into undergraduate life sciences education: A national study of US life sciences faculty uncover significant barriers to integrating bioinformatics into undergraduate instruction. PLoS One, 14(11), e0224288.
