RCSB Protein Data Bank yani Protein Veri Bankası, yapısal biyoloji alanında bir köşe taşı kaynaktır ve dünya çapındaki araştırmacıların biyolojik makromolekül yapılarının sürekli olarak büyüyen depolamasına erişmelerini, analiz etmelerini ve katkıda bulunmalarını sağlar. Zengin bir geçmişe, geniş veri girişi sayılarına ve standartlaştırılmış bir PDB dosya biçimine sahip olan RCSB PDB, yaşamın moleküler temelini anlama ve geniş bir disiplin yelpazesinde bilimsel keşifleri kolaylaştırmada hayati bir rol oynamaya devam eder.
Protein Veri Bankası (Protein Data Bank, PDB),büyük biyolojik moleküllerin, özellikle proteinler ve nükleik asitlerin üç boyutlu yapısal verilerini içeren bir veri tabanı olarak çalışır. Bu değerli veriler genellikle X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi gibi tekniklerle elde edilirken, gün geçtikçe artan bir şekilde kriyo-elektron mikroskopisi ile elde edilmektedir. Biyologlar ve biyokimyacılar tarafından dünya çapında katkı sağlanan bu veriler, PDBe, PDBj, RCSB ve BMRB gibi üye kuruluşların internet siteleri aracılığıyla herkese açık bir şekilde erişilebilir hale getirilmiştir. PDB’nin yönetimi Dünya Protein Veri Bankası (wwPDB) tarafından denetlenmektedir.
PDB yapısal genomik gibi yapısal biyoloji alanlarında kilit bir rol oynamaktadır. Bir çok biyolojik veri tabanı içinde önemli bir yere sahiptir. Önemli bilimsel dergilerin çoğu ve bazı finansman kuruluşları, bilim insanlarını yapısal verilerini PDB’ye göndermeye zorunlu kılmaktadır. Temel işlevinin ötesinde, PDB, diğer veritabanları tarafından içinde kataloglanan protein yapılarının geniş bir bilimsel yapı içinde önemli bir pozisyona sahiptir. Örneğin, SCOP ve CATH protein yapılarını sınıflandırırken, PDBsum ise PDB kayıtlarının görsel bir özetini sunar ve Gene Ontology gibi çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri bir araya getirir.
Protein Veri Bankası’nın (PDB) Ortaya Çıkışı:
PDB’nin oluşumuna yol açan iki etken bulunmaktadır: X-ışını difraksiyonu ile belirlenen protein yapısı verilerinin ilk başta küçük ancak sonradan büyüyen bir koleksiyonu; ve bu protein yapılarını 3B olarak görselleştirmek için kullanılabilir hale gelen 1968’de geliştirilen moleküler grafik ekranı olan Brookhaven RAster Display (BRAD). 1969’da, Brookhaven Ulusal Laboratuvarı’ndaki Walter Hamilton’ın çabasıyla Edgar Meyer (Texas A&M Üniversitesi), bu atom koordinat dosyalarını ortak bir formatta saklamak ve bunları geometrik ve grafiksel değerlendirme için erişilebilir hale getirmek için bir program yazmaya başladı. 1971’e gelindiğinde, Meyer’in programlarından biri olan SEARCH, araştırmacılara veritabanından bilgiye uzaktan erişim sağlayarak protein yapılarını çevrimdışı olarak incelemelerine olanak tanıdı. SEARCH, ağ oluşturmayı mümkün kılarak PDB’nin işlevsel başlangıcını oluşturdu.
Protein Veri Bankası, Ekim 1971’de Nature New Biology dergisinde ilan edildi ve İngiltere’deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD’deki Brookhaven Ulusal Laboratuvarı arasında bir ortak girişim olarak duyuruldu.
Hamilton’ın 1973’teki ölümünün ardından, Tom Koeztle, PDB’nin yönetimini sonraki 20 yıl boyunca devraldı. Ocak 1994’te, İsrail’in Weizmann Bilim Enstitüsü’nden Joel Sussman, PDB’nin başına getirildi. Ekim 1998’de, PDB Araştırma İşbirliği yapısı (RCSB) tarafından devralındı; transfer Haziran 1999’da tamamlandı. Yeni direktör, Rutgers Üniversitesi’nden Helen M. Berman’dı (RCSB’nin yöneten kurumlarından biri, diğeri ise Kaliforniya Üniversitesi San Diego’daki San Diego Süper Bilgisayar Merkezi’ydi).] 2003’te wwPDB’nin kurulmasıyla birlikte, PDB uluslararası bir kuruluş haline geldi. Kurucu üyeler PDBe (Avrupa),RCSB (ABD) ve PDBj (Japonya)’dir. BMRB 2006 yılında katıldı. wwPDB’nin dört üyesi, PDB verileri için depolama, veri işleme ve dağıtım merkezi olarak hareket edebilir. Veri işlemesi, wwPDB personelinin her gönderilen girdiyi gözden geçirdiği ve açıklama eklediği anlamına gelir. Veriler daha sonra otomatik olarak inandırıcılık açısından kontrol edilir (bu doğrulama yazılımının kaynak kodu kamuya ücretsiz olarak sunulmuştur).
Protein Data Bank – PDB Dosya Biçimi
Protein Veri Bankası (PDB) dosya biçimi, Protein Veri Bankası’nda bulunan moleküllerin üç boyutlu yapılarını açıklayan metin tabanlı bir dosya biçimidir ve daha sonra mmCIF biçimi tarafından takip edilmiştir. Bu nedenle PDB biçimi, protein ve nükleik asit yapılarının açıklaması ve açıklaması için kullanılır; bunlar arasında atom koordinatları, ikincil yapı atamaları ve atom bağlantıları bulunur. Ayrıca deneysel meta veriler de depolanır. PDB biçimi, biyolojik makromoleküllerle ilgili verileri tutan Protein Veri Bankası’nın eski dosya biçimidir ve daha yeni mmCIF dosya biçiminde veri saklar.
Glukagon
Her PDB dosyası, RCSB PDB’deki tek bir girişe karşılık gelir ve genellikle atomların üç boyutlu koordinatları, bağ uzunlukları ve açıları hakkında bilgiler, simetri operatörleri ve yapıdaki ligandlar ile çözücü molekülleri hakkındaki bilgiler gibi verileri içerir. PDB biçimi, yıllar içinde artan yapısal verilerin karmaşıklığı ve çeşitliliğine uyum sağlamak için birkaç kez revize edilmiş ve genişletilmiştir.
http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect1.html
