• Ders Başlangıç Tarihi

    15 Nisandan itibaren İstediğiniz zaman

  • Format

    Eş zamansız (asenkron) Modül

    Yapısal Biyoinformatik ve in silico Protein Modelleme Eğitimi

    Protein Mimarisini Çözün: in silico Modelleme ve Moleküler Docking
    Yapısal biyoinformatiğin temel prensiplerini kavrayarak ilaç tasarımı prensipleriyle kendinizi geliştirin. SWISS-MODEL ile yüksek doğruluklu homoloji modelleri inşa edin, AutoDock Vina ile ligand-reseptör etkileşimlerinin termodinamik temelini keşfedin. Deneysel validasyon öncesi en güçlü "hit" adaylarınızı belirleyerek zamandan ve maliyetten tasarruf edin.
    • Mevcut katılımcılar

      112+

    • Kontenjan:

      Son 38 kontenjan

      Süre: 

      8 Saatlik video ders,
      Bölüm sonu sınavları, 
      Okumalar

      Write your awesome label here.
      — Yeni dönem

      Islak Laboratuvardan Sanal Gerçekliğe

      Modern yapısal biyoloji, statik gözlemlerin ötesine geçerek yapı-fonksiyon ilişkisini atomik düzeyde sorgulamayı gerektirir. Bugün bir proteinin 3D konformasyonunu öngörmek, sadece görsel bir çıktı almak değil; ilacın hedef bölgeye bağlanma afinitesini, hidrojen bağı ağlarını ve sterik engelleri bir modelle göstermektir.

      Bu eğitimde, sadece araçların arayüzünü değil, SWISS-MODEL'in şablon seçimindeki evrimsel korunmuşluk mantığını ve AutoDock Vina'nın fonksiyonlarındaki hata paylarını öğreneceksiniz.

      Kendi modellediğiniz bir proteinin bağlanma cebinde, tasarladığınız molekülün en düşük bağlanma enerjisiyle  nasıl olduğunu analiz ederek projelerinize ve kariyerinize rasyonel bir derinlik katacaksınız.

      Bunları biliyor musunuz?

      İlaç Geliştirme Ekonomisi

      Modern bir ilacın klinik öncesi aşamaya gelme maliyeti 2 milyar doları aşarken, in silico taramalar potansiyel adayların elenmesini (de-risking) sağlayarak AR-GE maliyetlerini %40'a varan oranlarda optimize etmektedir.
      DiMasi, J. A., et al. (2016). "Innovation in the pharmaceutical industry: New estimates of R&D costs." Journal of Health Economics.

      Sanal Tarama (Virtual Screening) Verimliliği

      AutoDock Vina gibi algoritmalarla yapılan sanal taramalar, milyonlarca kütüphane arasından "hit" bulma olasılığını rastgele taramalara oranla 100 kattan fazla artırmaktadır.
      Trott, O., & Olson, A. J. (2010). "AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading." Journal of Computational Chemistry.

      Anotasyon ve Modelleme Gücü

      Bilinen protein sekanslarının sayısı hızla artarken, deneysel yapısı çözülmüş protein oranı düşüktür; SWISS-MODEL gibi araçlar bu "yapısal boşluğu" kapatarak fonksiyonel anotasyon için kritik modeller sunar.
      Waterhouse, A., et al. (2018). "SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes." Nucleic Acids Research.

      Kimler için uygun

      Lisans/Lisansüstü Öğrenciler

      Moleküler Biyoloji ve Genetik, Eczacılık, Tıp, Kimya veya Biyomühendislik bölümlerinde okuyan ve özgeçmişine "Yapısal Biyoinformatik" yetkinliğini eklemek isteyenler.

      Tez verilerini görselleştirmek ve protein-ligand etkileşimlerini bilimsel bir zemine oturtmak isteyen yüksek lisans ve doktora öğrencileri.

      akademik kariyerine yeni yetkinlikler eklemek isteyen öğrenciler. 

      Akademik ya da Sektörel Araştırmacılar

      Islak laboratuvar (wet-lab) sonuçlarını, yapısal modeller ve docking analizleriyle destekleyerek yayın kalitesini ve kabul şansını artırmak isteyenler.

      TÜBİTAK veya AB projelerine in silico kanıtlar ekleyerek projesinin inovasyon puanını yükseltmeyi hedefleyen akademisyenler

      Klasik biyoloji veya kimya temelinden gelip, çalışmalarına "Hesaplamalı Biyoloji" derinliği katmak isteyen araştırmacılar.

      Tıp, Ziraat, Veterinerlik, İlaç ve Biyoteknoloji Sektörü Profesyonelleri

      İlaç geliştirme süreçlerinde maliyeti düşürmek için sanal tarama (virtual screening) ve drug repurposing tekniklerine hakim olmak isteyen sektör çalışanları.

      Etken maddelerin protein hedefleriyle etkileşimini atomik düzeyde simüle ederek, rasyonel ilaç tasarımı süreçlerini yönetmek isteyenler.

      Hastalık mekanizmalarını protein yapısı üzerinden anlamak ve ilaçların etki mekanizmalarını (MOA) moleküler düzeyde kavramak isteyen hekimler ve eczacılar.

      Bitki koruma veya hayvan sağlığı alanında kullanılan pestisitlerin/ilaçların hedef proteinlerle etkileşimini analiz etmek isteyen uzmanlar.

      Ne Kazanacaksınız?

      Homoloji Modelleme ve Yapısal Validasyon:  

      BLAST ve HHblits tabanlı şablon (template) taramasıyla proteine en yakın 3D iskeleti belirleme. 

      Oluşturulan modellerin geometrik ve enerjik doğruluğunu global standartlarda valide etme uzmanlığı.

      Katlanma (folding) motiflerinden yola çıkarak "orphan" proteinlerin biyolojik rollerini öngörme.

      Moleküler Docking: Termodinamik Etkileşim Analizi: 

      AutoDock Vina & Ligand Hazırlığı: Moleküler esneklik (flexibility) ve yükleme parametrelerini optimize ederek en stabil kompleksleri belirleme.

      Bağlanma Enerjisi değerlerini yorumlayarak molekülün inhibitör potansiyelini skorlama.

      PyMOL ve Discovery Studio ile hidrojen bağları, Pi-Pi etkileşimleri ve hidrofobik cepleri yayın kalitesinde haritalandırma.
      İlaç Repozisyonlama ve ADMET Tahmini:

      Drug Repurposing: Bilinen ilaçların yeni protein hedefleri (Örn: Antiviral veya Antikanser) üzerindeki etkileşimlerini simüle etme.

      Toksisite ve Farmakokinetik Öngörü: Tasarladığınız moleküllerin ADMET (Absorpsiyon, Dağılım, Metabolizma, Boşaltım, Toksisite) profilini hesaplamalı olarak analiz etme.

      Neden Bu Eğitime Katılmalısınız?

      Akademik ve Multidisipliner Uzmanlık

      Islak laboratuvar (wet-lab) tecrübenizi yapısal biyoinformatik ile birleştirerek, AR-GE departmanlarının en çok aradığı "Hibrit Araştırmacı" profilini kazanırsınız.

      Yapısal modeller ve moleküler etkileşim simülasyonlarıyla çalışmanızın impaktını  güvenilirliğini artırır.

      Projelerinize "akıllı tasarım" prensiplerini ekleyerek inovasyon gücünüzü artırır. 

      Kendi Hızınızda İlerleyin (Offline Format)

      Laboratuvar deneyleriniz veya nöbetleriniz arasında derse yetişme stresi yaşamazsınız. Eğitime kaydolduğunuz an tüm içeriklere erişirsiniz. Videoları durdurabilir, geriye sarabilir ve karmaşık konuları tam kavrayana kadar tekrar izleyebilirsiniz.

      Uygulamalarda bekleme sürelerinizde, hata aldığınızda dersi istediğiniz kadar durdurma şansınız olur. 

      Sertifikasyon ve Yaşam Bilimleri Yetenek Ekosistemi

      Eğitimi ve bitirme testini başarıyla tamamlayan katılımcılar, yetkinliklerini kanıtlayan, dijital özel id'li, linkli ve doğrulanabilir " Başarı Sertifikası" almaya hak kazanır. Tüm derslere katılan katılımcılar ise "Katılım Sertifikası" kazanır.

      Yaşam Bilimleri Yetenek ekosisteminde sektör ve mezunlarla bir araya gelirsiniz.

      Eğitim Deneyimi ve Metodoloji

      Dersler eş zamansız (asenkron) kendi hızında öğren programı olarak ilerleyecektir. Derslerdeki sorularınızı eğitmenlerimiz değerlendirecek ve buna göre ilerlemeniz takip edilecektir. 

      Kendi Hızında Öğren Adım Adım

      1 yıl boyunca  erişebileceğiniz videolarla, CV'nizi ve profilinizi adım adım, her akşam bir modülü tamamlayarak güncelleyin.

      Adım adım uygulamaları kaçırma derdi olmadan derinlikli öğrenirsiniz. 

      Testler ve sorularla pekiştirin

      Testler ve ödevlerle öğrendiklerinizi uygulayın. 

      Uygulamalarınızı ve sorularınızı Forumda paylaşın eğitmenler ve diğer katılımcılarla sonuçlarınızı tartışın. 

      Etkileşimli Toplulukla Paylaşın

      Eres Biotech mezunlar ağında yer alan kıdemli uzmanlarla network kurma ve fırsatlardan ilk haberdar olma ayrıcalığı kazanın. 

      Mentörler, eğitmenler ve mezunların tecrübelerinden faydalanın. 
      Kişiye özel bağlantı ve ID numaralı dijital sertifikalar

      Başarınızı Belgelendirin

      Başarı Sertifikası

      Dersleri ve testleri tamamladığınızda anında sertifikanızı alabilirsiniz.

      Katılım Sertifikası

      Dersleri tamamlayın ve sertifikanızı hemen alın. 

      Kayıt Seçenekleri & Avantajlar:

      Unutmayın: Akademik takviminize göre değil, kendi hızınıza göre uzmanlaşın.
      Hemen kaydolun, dilediğiniz zaman başlayın.

      Öğrenci Planı

      Tam Erişim & Sertifika ve Mezunlar Ağı Erişimi
      • Tam Erişim
      • Katılım/Başarı Sertifikası
      • Mezun ağı ve Mentörlük oturumları*
      Kaydol
      Ders ücreti
      ₺6,250 ₺4,100
      Kaydol
      Learning programs
      Öğrenci (1 Kurslar)
      Ders ücreti
      ₺6,250 ₺2,583
      Kaydol

      Profesyonel Planı

      Tam Erişim & Sertifika ve Mezunlar Ağı Erişimi
      • Tam Erişim
      • Katılım/Başarı Sertifikası
      • Mezun ağı ve Mentörlük oturumları*
      Kaydol
      Ders ücreti
      ₺6,250 ₺4,100
      Kaydol
      Learning programs
      Öğrenci (1 Kurslar)
      Ders ücreti
      ₺6,250 ₺2,583
      Kaydol
       Planınızı seçmek için plana ait seçenekten kaydolunuz. 
      * Mentorlük çalışmaları birebir olarak gerçekleştirilecektir. Bunu için eğitmenler ve öğrenciler karşılıklı randevu oluşturacaktır. 

      Sık Sorulan Sorular

      Bilgisayarım bu analizler için yeterli mi? Çok güçlü bir sistem mi lazım?

      Güçlü olursa elbette iyi olur. Ancak eğitimi tamamlamanız için bir gereklilik değildir çünkü web tabanlı araçlarla da uygulamalar yapılacak. Eğitimde kullandığımız SWISS-MODEL gibi araçlar web tabanlıdır; AutoDock Vina ise standart bir dizüstü bilgisayarda bile mükemmel çalışır. Size en optimize yöntemleri gösteriyoruz.

      Kimya veya Eczacılık mezunu değilim, yine de ilaç docking yapabilir miyim?

      Kesinlikle. Protein yapısını anlamak isteyen bir biyolog, bir veteriner hekim veya bir tıp doktoru da bu araçları kendi araştırma alanlarında (enzim mühendisliği, reseptör etkileşimi vb.) kullanabilir.

      Sertifika ID'si neden önemli?

      Akademik veya profesyonel başvurularda "belge kirliliği" çok fazladır. Sizin sertifikanızdaki Özel ID, işverenin veya hocanızın portalımız üzerinden yetkinliğinizi saniyeler içinde doğrulamasına olanak tanır. Bu, gerçek bir "başarı kanıtı"dır.

      8. Dönem Toplam Katılımcı İstatistikleri

      Pek çok araştırmacı, öğrenci ve profesyonel aramıza katıldı. Siz de yerinizi ayırtın. 
      Öğrenci kodu: OGRECI
      Çalışan kodu: CALISAN
      Video ders kodu: VIDEO

      Katılımcı

      Sertifika

      Saat
      — Kendi Hızınızda Öğrenin

      Rahat olduğunuz yerden katılın

      Online ve eş zamansız olan bu eğitime istediğiniz zaman, istediğiniz yerden, istediğiniz süre  katılabilirsiniz.

      Video Kayıtlarıyla Ders Kaçırmayın

       Dersleri kaçırma kaygınız olmaz. Ayrıca istediğiniz zaman istediğiniz dersi tekrar izleyebilirsiniz. 

      Ödevler ve Testler

      Eğitim içinde verimliliğinizi arttırmak ve sizi teşvik etmek için ödevler ve testler yer almaktadır. 

      Katılım Sertifikası

      Derslere katılan, test ve ödevleri tamamlayan katılımcılarımıza eğitimin ardından tekil id kodlu ve özel bağlantılı  katılım sertifikaları sağlanmaktadır. 

      Kariyer Mentörlüğü

      Bu ders katılımcıları için, birebir gerçekleştirilen 2 online oturumluk kariyer, yapay zeka kullanımı ve performans mentörlüğü sağlanır. 
      Write your awesome label here.
      Doktora projemde sentezlediğim bileşiklerin hedeflerine nasıl bağlandığını açıklamakta zorlanıyordum. Burda AutoDock Vina ve Discovery Studio görselleştirmeleri öğrendim ve moleküllerimin hidrojen bağı ağlarını çalışmamda gösterdim. Jüriyi etkilediğimi fark edince çok mutlu oldum.
      — Emel S., Eczacılık Fakültesi
      Laboratuvarımızda sürekli deneme-yanılma yapıyorduk. Scoreları tam nasıl okuyacağımı bilmiyorduk. Biraz gelişine  SWISS-MODEL ve sanal tarama teknikleri uyguladığımız için verimli de olamıyorduk. Bu kursla daha anlamlı modelleme çalışmaları yapmaya başladık.
      — Abdulrahim M., Ar-Ge Müdürü
      Kodlama bilmediğim için in silico dünyasından çekiniyordum. Ancak bu eğitimin anlatım dili o kadar sade ve pratik ki; şu an kendi protein modellerimi oluşturup projelerime koyabiliyorum. Kariyerim için bir dönüm noktası oldu.
      Arş. Gör. Melike S., Biyokimya

      "İzleyici" değil,  "Tasarımcı" Olun!

      Bilimsel araştırmalarda dijital transformasyon artık bir seçenek değil, bir zorunluluktur. Bugün bu yetkinliği kazanmadığınızda, yarın yayınlarınızda veya projelerinizde yapısal kanıtlar sunan meslektaşlarınızın bir adım gerisinde kalabilirsiniz. Proteinlerin 3D dünyasını anlamak, sadece bir beceri değil; biyolojik sistemleri kontrol etme gücüdür.
      apısal biyoinformatiği sadece yazılımcılara özel sanıp hep erteliyordum. Hiç kod yazmadan, SWISS-MODEL ve PyMOL gibi görsel araçlarla kendi protein modellerimi oluşturabilmek harikaydı. Asenkron dersleri takıldığımda tekrar izleyebilmek büyük konfor sağladı; CV’mdeki en güçlü yetkinlik bu oldu. Teşekkürler
      ⭐⭐⭐⭐⭐

      Çağla L., Biyokimya

      Tam paket profesyonel kayıt kodu: CALISAN 

      Tam paket öğrenci kayıt kodu: OGRENCI
      Video ders kayıt kodu: VIDEO
      Write your awesome label here.

      Ders Konuları

      "Blind Docking" ve Binding Site Paradox

      Geleneksel docking çalışmalarında araştırmacılar genellikle ilacın aktif bölgeye (active site) bağlanacağını varsayar. Ancak proteinler dinamiktir ve ilaçlar genellikle hiç beklenmedik Allosterik Bölgelere (Allosteric Sites) bağlanarak proteinin yapısını uzaktan kontrol eder.

      Pro-Tip: Eğer proteinin ligand bağlanma cebi literatürde tanımlanmamışsa, "Active Site" odaklı docking yapmak sizi yanlış negatif sonuçlara götürebilir. Burada "Blind Docking" (Kör Docking) stratejisi devreye girer. CB-Dock2 veya benzeri araçlar, tüm protein yüzeyini tarayarak geometrik olarak en uygun kaviteleri (cepleri) belirler.

      Metodolojik Detay: Unutulmamalıdır ki; en güçlü bağlanan ligant, her zaman aktif bölgeye giden değildir. Bazen sığ bir yüzey cebine bağlanan molekül, proteinin konformasyonel değişimini tetikleyerek fonksiyonu durdurabilir. Bu fenomen, Drug Repositioning çalışmalarında yeni ilaç hedefleri keşfetmenin altın anahtarıdır.
      *Liu, Y., et al. (2022). "CB-Dock2: improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection." Nucleic Acids Research.

      Kariyer Sıçraması İçin Ücretsiz Rehberinizi Alın!

      E-posta listemize katılın, yapay zeka (ATS) sistemlerinden %90+ başarıyla geçen 'ATS Uyumlu Bilimsel CV Hazırlama Rehberi' anında e-postanıza gelsin. Sektörel ipuçlarını ve indirimleri kaçırmayın!
      Thank you!
      *E-posta adresimi bırakarak KVKK Aydınlatma Metni, Gizlilik Politikası ve Çerez Politikası şartlarını okuduğumu ve kabul ettiğimi beyan ederim.
      Write your awesome label here.
      ile oluşturuldu